شركت دانش­بنيان به شركتي گفته مي­شود كه از %1 تا %100 سهام آن متعلق به يك دانشگاه يا واحد پژوهشي و یا از 51 تا 100 درصد آن متعلق به اعضای هیات علمی دانشگاه­ها يا واحدهای پژوهشي باشد. در صورتي كه سهام دانشگاه كمتر از %50 باشد شركت دانش­بنيان خصوصي است و در غير اينصورت شركت دانش بنيان دولتي است.
دانشگاه­ها و واحدهاي پژوهشي پس از تصويب امكان تاسيس شركت­هاي دانش­بنيان در آيين­نامه مالي و معاملاتي خود در هيئت امناء مي­توانند شروع به تشكيل شركت­هاي دانش­بنيان كنند. هر شركت دانش­بنيان به پيشنهاد تعدادي از اعضاء هيئت علمي و تصويب دانشگاه يا واحد پژوهشي تاسيس خواهد شد و يا توسط دانشگاه و واحد پژوهشي به اعضاء هيئت علمي پيشنهاد مي­شود. دانشگاه­ها و واحدهاي پژوهشي به صورتهاي زير مي­توانند در شركت­هاي دانش­بنيان سهامدار باشند:
1- به جهت اعتبار دانشگاه يا واحد پژوهشي بخشي از سهام شركت­ دانش­بنيان به نام دانشگاه يا واحد پژوهشي مي­شود. (حداقل %5)
2- به دليل استفاده از مورد يا موارد مشخصي از يافته­هاي پژوهشي دانشگاه با واحد پژوهشي در شركت،‌ بخشي از سهام شركت با توافق سهامداران (دانشگاه يا واحد پژوهشي و ديگر سهامداران حقيقي يا حقوقي) به نام دانشگاه يا واحد پژوهشي مي­شود (در هر مورد استفاده بنا بر ارزش موضوع استفاده شده، سهام مربوطه مي­تواند از %1 تا %100 باشد.)
3- به علت سرمايه­گذاري مستقيم دانشگاه بخشي از سهام شركت دانش­بنيان به نام دانشگاه است. (درصد متناسب با ميزان سرمايه­گذاري است.)
4- به جهت خدمات ديگري كه دانشگاه به شركت دانش­بنيان ارائه مي­دهد بخشي از سهام به نام دانشگاه مي­شود (متناسب با ميزان خدمات)
5- اگر شركت دانش­بنيان دولتي باشد بدون نياز به ارائه هيچ خدماتي حداقل %50 سهام به نام دانشگاه يا واحد پژوهشي است.
6- هر دانشگاه در سال نخست می­تواند يک شرکت مادر تخصصی راه­اندازی کند.
7- ايجاد اين شرکت­ها با همکاری شهرداری­ها يا مشارکت دانشگاه­های منطقه در اولويت می­باشد.
تبصره1: شركت دانش­بنيان بصورت شركتي و مستقل از تشكيلات دانشگاه اداره مي­شود و دانشگاه به ميزان سهامي كه در شركت دانش­بنيان دارد در مديريت آن تاثير گذار است و در سود و ضرر آن شريك است.
تبصره 2: سازمان­هاي حقوقي (خصوصي يا دولتي) خارج از دانشگاه متناسب با ميزان سرمايه­گذاري خود مي­توانند سهامدار شركت دانش­بنيان باشند. (شكل­گيري شركت­هاي دانش­بنيان با مشاركت صنايع دولتي يا خصوصي و دستگاه­ها و سازمان­هاي اجرائي در موفقيت آنها تاثير دارد.) در صورتی که بيش از %50 سهام اينگونه شرکت­ها دولتی باشد بايد به تصويب هيات وزيران برسد.
تبصره 3: رييس و معاونين دانشگاه و واحد پژوهشي در زمان تصدي مسئوليت مي­توانند سهامدار شركت­هاي دانش­بنيان بشوند، و ليكن هيات مديره و مدير عاملی اينگونه شرکت­ها را تا زمان تصدی مسئوليت نمی­توانند داشته باشند.
تبصره 4: در شركت­هاي دانش­بنيان خصوصي اعضاء هيئت علمي دانشگاه­ها و واحدهاي پژوهشي متناسب با ميزان وقت­گذاري و نوع فعاليت در شركت (علاوه بر انجام وظايف دانش بنيان) يا متناسب با ميزان مشاركت در مالكيت فكري موضوعي كه در شركت استفاده مي­شود و يا متناسب با ميزان سرمايه­گذاري واقعي(نه اسمي) كه در شركت دارند، سهامدار مي­شوند.
تبصره 5: در شركت­هاي دانش­بنيان خصوصي، افراد حقيقي داخل يا خارج از دانشگاه يا واحد پژوهشي (غير از اعضاء هيئت علمي) مي­توانند به دلايل خاص و يا شرايطي كه دانشگاه يا واحد پژوهشي تعيين مي­كند، صاحب بخشي از سهام بشوند.
تبصره 6: برای ایجاد شرکت­های دانش بنیان که اعضای هیات علمی صد در صد مالکیت را دارند، نیازی به تصویب دانشگاه نیست و احراز عضویت علمی متقاضیان تاسیس شرکت کافی است.