ثبت علامت تجاری مستلزم پرداخت هزینه های مختلفی است که باید توسط متقاضی یا نماینده قانونی وی پرداخت گردد. نحوه پرداخت این هزینه ها در کشورهای مختلف متفاوت است.
در برخی از کشورها کلید هزینه های مربوط به ثبت علامت برای تمامی مراحل به صورت یکجا پرداخت میشود وبرای هر مرحله هزینه جداگانه دریافت نمیگردد.
برعکس در برخی از نظام های دیگر این هزینه ها به صورت مرحله ای و هر مرحله هزینه جداگانه پرداخت میگردد، بدین توضیح که برای اظهارنامه، طبقه اضافی، بررسی، ثبت، تمدید، اصلاح و.... هزینه های جداگانه پرداخت میگردد.
هرکدام از این نظام های پرداخت میتواند دارای مزایا و معایبی باشد.پرداخت یکجا هزینه ها ساده تر و مقرون به صرفه است اما عیب این سیستم این است که عواقب ناعادلانه برای متقاضیانی دارد که تصمیم می گیرند اظهارنامه تسلیمی به مرجع ثبت را به صورت کلی یا جزئی در جریان تشریفات و فرآیند ثبت استرداد کنند. به عنوان مثال، اگر متقاضی بخواهد در این نظام اظهارنامه ثبت علامت را به لحاظ تعارض با حقوق مقدم یا تعارض با حقوق اشخاص ثالث مسترد کند، در این صورت پرداخت هزینه های ثبت به صورت یکجا و عدم امکان استرداد هزینه های پرداختی یا بخشی از آن با توجه به پیشرفت مرحله ثبت، موجب تضییع حقوق متقاضی یا متقاضیان در این نظام میگردد و از این رو و برای تعدیل این نظام پرداخت،سازوکارهایی تعبیه کرده اندکه حداقل بخشی از این هزینه های قابل پرداختی قابل استرداد باشد.
عیب نظام پرداخت مرحله ای نیز میتواند این باشد که چنانچه به موقع و در مهلت های تعیین شده بویژه،برای پرداخت هزینه های تمدید، اقدام نشود این احتمال وجود دارد که صاحب علامت از دارا بودن علامت و حقوق مربوط به آن محروم شود یا اظهارنامه تسلیمی به مرجع ثبت به لحاظ عدم پرداخت هزینه های مربوط کان لم یکن تلقی شود. بطور کلی این نظام پرداخت نیز اگر چه در مقایسه با نظام پرداختیکجا دارای مزایا است لیکن این عیب عمده را نیز دارد که با قصورو کوتاهی صاحب علامت نسبت به پرداخت هزینه ها، بویژه هزینه تمدید علامت، از دارا بودن علامت مورد علاقه محروم گردد.
در قانون 1386 و آیین نامه مربوط ،برای ثبت علامت تجاری با توجه به مراحل و فرایند علامت، هزینه های جداگانه تعیین و دریافت میگردد و در صورتی که متقاضی اقدام به استرداد اظهارنامه تا مراحله قبل از ثبت علامت نماید نیز هزینه های پرداختی مسترد نمیگردد.